Les habitats naturels sont des unités définies le plus souvent par une végétation caractéristique (association végétale) laquelle reflète les conditions climatiques, géologiques et pédologiques (sols), particulières. Au niveau européen, une Directive appelée "Directive habitats" définie un certain nombre d’habitats qualifiés d’intérêt communautaire et qui doivent être particulièrement protégés par les états membres (c’est notamment la base du réseau Natura 2000). Parmi ces habitats, les plus rares ou les plus fragiles sont its "prioritaires".
La Réserve Naturelle des Prés salés d’Arès et Lège abrite des habitats appartenant, essentiellement, aux végétations halophiles (littéralement "qui aime le sel) des prés salés atlantiques. A ces végétations, s’ajoutent des formations littorales et des boisements dunaires. Au total, sept habitats d’intérêt communautaire ont été identifiés au sein de la réserve dont un est « prioritaire » (code UE 1150). Il faut également souligner que dans la réserve, l’association et/ou le contact entre ces sept habitats d’intérêt communautaire, apparaît comme inédite au niveau national.
Pour les plus curieux, vous trouverez dans le tableau à suivre la liste de ces habitats prioritaires sur la réserve ainsi que des informations sur leur état de conservation :
| Code EUR 15 | Nom EUR 15 | Code Cahiers d’habitats | Nom Cahier d’Habitat | Etat de conservation | Valeur patrimoniale | |
| 1150* | Lagunes côtières | 1150-1 | Lagunes en mer à marée | Moyen | Très forte | |
| 1140 | Replats boueux ou sableux exondés à marée basse | indéfini | - | Bon | Forte | |
| 1310 | Végétations pionnières à Salicornes des zones boueuses et sableuses | 1310-1 | Salicorniaies des bas niveaux (haute slikke atlantique) | Bon | Forte | |
| 1310 | Végétations pionnières à Salicornes des zones boueuses et sableuses | 1310-2 | Salicorniaies des hauts niveaux (schorre atlantique) | Bon | Forte | |
| 1320 | Pré à Spartina (Spartinion maritimae) | 1320-1 | Prés à Spartine maritime de la haute slikke | Bon | Forte | |
| 1330 | Prés salés atlantiques (Glauco-Puccinellietalia maritimae) | 1330-1 | Prés salés du bas schorre | Bon | Forte | |
| 1330 | Prés salés atlantiques (Glauco-Puccinellietalia maritimae) | 1330-2 | Prés salés du schorre moyen | Bon | Forte | |
| 1330 | Prés salés atlantiques (Glauco-Puccinellietalia maritimae) | 1330-3 | Prés salés du haut schorre | Moyen à bon | Forte | |
| 1330 | Prés salés atlantiques (Glauco-Puccinellietalia maritimae) | 1330-4 | Prés salés du contact haut schorre/dune | Moyen | Très forte | |
| 1330 | Prés salés atlantiques (Glauco-Puccinellietalia maritimae) | 1330-5 | Prairies hautes des niveaux supérieurs atteints par la marée | Mauvais à bon selon les secteurs | Forte | |
| 2180 | Dunes boisées des régions atlantique, continentale et boréale | 2180-2 | Dunes boisées littorales thermo-atlantiques à Chêne vert | Bon | Forte | |
| 92D0 | Galeries et fourrés riverains méridionaux (Nerio-Tamaricetea et Securinegion tinctoriae) | 92D0-3 | Galeries riveraines à Tamaris | Bon | Forte |
